عواقب مبارزه با دستگاه حاکم یکی از مصائب بود، فقر ونداری گرفتاری بعدی. بی‌پولی دوره اقامت در قم، در مشهد هم ادامه یافت؛ و این‌بار در کنار همسری که با طعم تلخ آن آشنا نبود. سختی‌های بی‌پولی همچنان پابرجا بود.

سوم. رویارویی برای مواجهه با خطرات
 چند هفته‌ای از پیوند این زوج نمی‌گذشت که در ۱۳ آبان ۱۳۴۳ حاج‌آقا روح‌الله خمینی به ترکیه تبعید شد. خبر امکان تبعید امام به ترکیه، چند روز پیش از اجرای حکم به مشهد رسیده بود و در محافل علاقه‌مند به امور سیاسی، به ویژه در بین روحانیان گفته و شنیده می‌شد. همین موضوع موجب شد که عده‌ای از روحانیان از آیت‌الله میلانی بخواهند درباره لغو مصونیت سیاسی مستشاران نظامی آمریکا [= کاپیتولاسیون] اعلامیه بدهد. عصر روز سیزدهم آبان کمیسیون امنیت در مشهد تشکیل شد و برای مقابله با اقدامات احتمالی روحانیان به بررسی اوضاع پرداخت. 
قرار بود چهاردهم آبان، فردای تبعید امام، جلسه‌ای بسیار مهم در خانه آیت‌الله سیدحسن قمی برپا شود. مأموران امنیتی از تشکیل این نشست سیاسی بی‌خبر نبودند. مخبر ساواک نوشت که «از ساعت ۱۵ کمیسیونی از طرف آقای قمی و میلانی و عده‌ای از علماء در منزل آقای قمی برپا بود و در ساعت ۲۰۰۰ پایان یافت.» 
یکی از دعوت‌شدگان به این جلسه آقای خامنه‌ای بود. آن روز خطاب به همسرش گفت که «باید بروم... و ممکن است... دیگر برنگردم؛ یا زندانی شوم، یا ما را بکشند. از آنجا او را وارد جریانات کردم. دیدم آدم قرصی است و آماده است که این حوادث را پذیرا باشد.» 
خانم منصوره خجسته در این مورد می‌گوید که شوهرش این گفته را «درست همان روزی که امام خمینی دوباره بازداشت شدند و ایشان را از قم به تهران آورده و سپس به ترکیه تبعید کردند، مطرح نمود. در آن روز آقای خامنه‌ای و دیگران در مشهد برای نشان دادن مخالفت‌شان با این امر آماده شده‌بودند و در همین زمان بود که از من در برخورد با مسئله دستگیری‌شان سوال کردند. از همان روز من خودم را از لحاظ فکری آماده رویارویی با خطراتی که در راه مبارزات همسرم پیش خواهد آمد، نمودم.»

چهارم. اختفاء
روزهای آخر شهریور ۱۳۴۹ بود. طبق معمول به خانه پدر رفت، تا ضمن مباحثه درباره مسائل فقهی، او را نیز از تنهایی به در آورد. نشسته بودند که زنگ در به صدا درآمد. بانو خدیجه (مادر مکرمه آیت‌الله خامنه‌ای) رفت در را باز کرد. لحظاتی بعد، نگران برگشت و گفت که دو ساواکی سراغت را می‌گیرند. پرسید: چه جواب دادید؟ مادر گفت: جواب دادم که اینجا نیست. گفت: چرا دروغ گفتی مادر؟ بانو خدیجه هم پاسخ داد که این ساواکی‌ها مثل سگ هار هستند؛ باید شرشان را کم کرد. و شروع کرد به نفرین آنها.
حاج سیدجواد که از شنیدن موضوع برآشفته بود و ابراز ناراحتی می‌کرد، از پسرش پرسید که باز چه کرده‌‌ای که قرار است بگیرند و زندان ببرند؟ سعی کرد هر دو را آرام کند. گفت که احتمالاً ‌اشتباه آمده‌اند. از ذهنش گذشت که به زودی سراغ خانه‌اش خواهند رفت و لازم است پیش از رسیدن آنها، در خانه و نزد همسرش باشد.
خود را به خانه‌اش رساند. اوضاع آنجا طبیعی بود. موضوع را با همسرش در میان گذاشت. خانم خجسته، خودسالار و پردل، همچون تنگناهای گذشته پر روحیه و استوار نشان داد. کمکش کرد آماده شود؛ لباس‌هایش را عوض کند، ناخنش را بگیرد، ریش و سبیلش را کوتاه کند؛ همه کارهایی که قبل از زندان رفتن ضروری می‌نمود.
ناهارش را خورد، نماز ظهر و عصر را خواند و آماده نشست تا زنگ در به صدا درآید و او در راه روی مأموران شهربانی که برای بردنش آمده‌اند بگشاید. خانم خجسته از این معطلی بدخیم خسته شد و خوابش برد. آقای خامنه‌‌ای هم سری به کتابخانه‌اش زد تا برخی از آنها را که امکان بردنش به زندان باشد، همراه خود کند.
ناگهان به ذهنش رسید خوب است مدتی پنهان شود و در جای امنی ترجمه کتابش را به پایان رساند؛ بعد از آن هر چه پیش آید خوش آید. چندین بار به قرآن تفأل زد. همه آیه‌ها او را به اختفاء تشویق کردند. همسر را بیدار کرد. از تصمیم تازه‌اش گفت. خانم خجسته بسیار شادمان شد و پرسید: کجا می‌روی؟ گفت: ‌نمی‌دانم؛ ‌فقط می‌خواهم ترجمه کتاب را به پایان برسانم. بوسه‌ای از چهره خفته پسرانش گرفت. خداحافظی کرد و از خانه بیرون آمد.
‌
پنجم. دستپخت همسر در زندان
ماه مبارک رمضان ۱۳۹۰ در زندان از راه رسید. دهم آبان، اول ماه مبارک بود.
وقتی در سلّول بودم ـ پیش از انتقالم به اتاق بزرگ ـ ماه رمضان فرا رسید. با فرا رسیدن این ماه، دلم غرق شادی شد؛ چون از کودکی این ماه را دوست میداشتم. در این ماه، چهره‌ی زندگیِ روزمرّه دگرگون میشود و انسان روزه‌دار لذّت معنوی خاصّی را احساس میکند.
نخستین روز ماه رمضان سپری شد، هنگام افطار فرا رسید، امّا چیزی برای من نیاوردند؛ زیرا برای ماه رمضان، در محیط ارتش و زندان ارتش، حسابی باز نمیشود. نماز را خواندم و به سیر در عالم خاطرات این ماه ـ بویژه خاطرات ساعت افطار و شادمانی روزه‌داران در هنگام افطار ـ پرداختم. آن لحظات شادی‌آور و فرح‌‌افزای سر سفره‌ی افطار در کنار خانواده، با سماوری که در برابر ما میجوشید، در خاطرم گذشت. همچنین آن خوردنی‌های اندک و سبک مخصوص افطار را به یاد آوردم؛ بویژه «ماقوت» را ـ غذای معروف مشهدی‌ها که ظاهراً مختصّ خود آنها است ـ به یاد آوردم؛ که از هر غذایی برای افطار، آن را بیشتر دوست میداشتم. این «ماقوت» از آب و نشاسته و شکر تهیّه میشود و به شیوه‌ی خاصّی آن را میپزند. همسر من نیز در پختن آن، همانند پختن سایر غذاها، بخوبی وارد است. ناگهان به خود بازآمدم و از خداوند مغفرت طلبیدم. شاید این گرسنگی بود که خاطرات یاد شده را در ذهنم برانگیخت. شاید هم علّت، تنهایی بود. به هر حال باید صبر کرد.
نیم ساعت پس از مغرب، یک فنجان چای به دست آوردم. مدّتی بعد شام آوردند، که به خاطر نامرغوبی، دل بدان رغبت نمیکرد. امّا قدری از آن را خوردم و بقیّه را برای سحری گذاشتم. در سحر هم مابقی آن را با اکراه خوردم، زیرا این غذا از اصل نامطبوع بود و بعد از مانده شدن نیز نامطبوع‌تر شده بود. نخستین روز بر این منوال گذشت.
روز دوّم، نگهبان اطّلاع داد که چیزی برای شما فرستاده شده. آن را گرفتم و باز کردم، دیدم انواع غذاهایی که در افطار به آنها میل دارم، در چند بشقاب برایم فرستاده شده است. این غذا‌ها برای چند نفر کافی بود. همسرم آن را آماده ساخته بود و توانسته بود به زندان برساند. همچنین در همان روز، از منزل برایم وسایل تهیه و صرف چای آوردند. لذا افطاریِ خوشمزه و مطبوعی بود که به قدر کفایت از آن برداشتم و باقی را برای زندانیان فرستادم. این کار هر روز تکرار شد.

ششم. یورش شبانه
بیست و سوم آذر ۱۳۵۶ بود که زنگ در خانه آقای خامنه‌ای به صدا درآمد؛ زنگ که نه، با کوبش در از خواب پرید. بیش از یک ساعت به اذان صبح مانده بود. مثل همیشه که خودش برای باز کردن در می‌رفت و نمی‌پرسید کیست، از اتاق خارج شد. همه خواب بودند. در را که باز کرد، افراد مسلحی دید که برخی هفت‌تیر و بعضی مسلسل در دست داشتند. یک آن از ذهنش گذشت که برای ترور او آمده‌اند. «آقای بهشتی به من هشدار داده بود که کمونیست‌ها قصد دارند مسلمانان فعال را تصفیه کنند و از من خواسته بود که احتیاط کنم... در همان روزها کمونیست‌ها در کرمانشاه شبانه به منزل آقای موسوی‌ قهدریجانی یورش برده و دست وپایش را بسته، می‌خواستند او را بکشند که در یک حادثه غیرارادی توانست از دست آنها فرار کند و جان سالم به در ببرد.»
 فوراً در را بست. نگذاشتند. ترس از مرگ، نیرویی بدو بخشید که توانست بر آن فشار غلبه کند. در بسته شد. شاید از جای دیگری وارد شوند؟ در همین فکر بود که یکی از آن افراد مسلح فریاد زد: به نام قانون در را باز کن. این را که شنید، فهمید عوامل ساواک هستند و خطری که در پی او آمده، حداقل به قیمت جانش تمام نخواهد شد. در همین هنگام شیشه در خانه را شکستند. «به طرف در رفته، آن را باز کردم. شش نفر به درون خانه یورش آوردند و در شدت قساوت و خشونت بین خانه و در اندرونی مرا به باد کتک گرفتند. در این حال،‌ مصطفی که آن زمان ۱۲ ساله بود، از خواب بیدار شد و با ناباوری از پشت شیشه [اتاق] شاهد کتک خوردن پدرش بود. فریاد می‌زد و گریه می‌کرد.»
 ضربه‌ها به همه جا فرود می‌آمد، اما به ساق پا بیشتر. با نوک کفش‌هایشان به ساق پای او می‌کوبیدند. یکی از آنان دستبندی بیرون کشید و دستان آقای خامنه‌ای را با آن بست. پیش انداختند تا وارد خانه شود؛ و آنها به دنبالش. گفت که نمی‌خواهم همسر و فرزندانم مرا با دستان بسته ببینند؛‌ دستانم را باز کنید. دور از انسانیت است. پذیرفتند و دستانش را باز کردند. وارد شدند. همسر، چهار پسر خواب و بیدار هاج و واج و بهت‌زده، ایستاده، نگاه می‌کرد. میثم، چهارمین فرزندش، دو ماهه بود. «به آنها گفتم: نترسید. میهمان هستند.»



شروع کردند به گشتن. روشن بود که جایی را بی‌وارسی رها نخواهند کرد. خانم خجسته در لحظه‌ای که آقای خامنه‌ای هم متوجه نشد، خودش را به طرف کتابخانه کشاند و هر ‌آنچه که از اعلامیه و اوراق سری سراغ داشت، نوشته‌هایی که می‌توانست شوهرش را متهم به فعالیت‌های سیاسی علیه امنیت حکومت کند، جمع کرد؛ زیر فرش پخش نمود. «نمی‌دانم از کجا فهمیده بود که آن اعلامیه‌ها در آن اتاق است. نمی‌دانم چگونه توانست به دور از چشم عوامل ساواک به آن اتاق برود... بعدها ماجرا را برایم تعریف کرد.»
 نوبت تفتیش کتابخانه که رسید، هر کتاب و نوشته‌ای که گمان می‌رفت علیه او کاربردی داشته باشد برداشتند. اینها نیز همچون کتاب‌ها و دست‌نوشت‌های قبلی، هرگز به او بازگردانده نشد. گزارش ماموران از آنچه که با خود از خانه آقای خامنه‌ای آوردند چنین بود: «۱۳ جلد کتاب مربوط به دکتر علی شریعتی و یک جلد مربوط به مرتضی مطهری و تعدادی جزوات دست‌نویس و نامه‌های قابل بررسی به دست آمد.» صدای اذان صبح که آمد هنوز مشغول بازرسی بودند. «گفتم می‌خواهم نماز بخوانم. یکی از آنها مرا تا دستشویی همراهی کرد. وضو گرفته، به کتابخانه بازگشتم و نماز خواندم. از جمع آنها فقط یک نفر خواند و بقیه به کار بازرسی خود ادامه دادند. چیزی و جایی برای ندیده رها نکردند [مگر زیرفرش پهن شده در کتابخانه].»
از همسرش خواست مقداری غذا به او بدهد. و مجتبی و مسعود را که هنوز خواب بودند بیدار کند تا بتواند از آنها خداحافظی نماید. ساواکی‌ها گفتند که پدرتان به مسافرت می‌رود. «اما من گفتم نیاز به دروغ گفتن نیست. واقعیت را برای آنها بیان کردم.»
 خداحافظی کرد و همراه آن مزاحمان نیمه شب از در خارج شد.

هفتم. زندگی پنهانی ۵۷
آقای خامنه‌ای بیشتر آذر و تمام دی‌ماه را در خانه‌های مخفی ، و دور از چشم نامحرمان گذراند. هر روز صبح به مسجد کرامت می‌رفت؛ جایی که پر بود از جمعیت؛ و همین امنیت آنجا را تضمین می‌کرد. جاسوسان جرات نمی‌کردند برای کسب خبر پا به آن مکان بگذارند. رشته خبرگیری و خبررسانی دستگاه امنیتی نیز به واسطه فراغوانی رخدادها، ترس خیمه زده بر وجود ماموران اطلاعاتی، و شیرازه از هم گسسته حاکمیت، کارکرد خود را از دست داده بود. مسجد کرامت در حقیقت مرکز رهبری انقلاب در مشهد محسوب می‌شد. آقای خامنه‌ای با کمک دوستان همفکر و جوانان سراسر شور و اقدام، مدیریت کارها را برعهده داشت. بیشتر اطلاعاتِ روز به او می‌‌رسید و او متناسب با شرایط، خط و برنامه را به مردم و علما می‌داد. صدور اعلامیه، شنیدن حرف مراجعان که یکسره و بی‌وقفه ادامه داشت، و پاسخ دادن به آنها بخش دیگری از وقت او را می‌گرفت. روزی نبود که سربازان فراری از یگان‌ها نظامی و پادگان‌ها به او مراجعه نکنند. تا ظهر به این امور می‌پرداخت. بعد از نماز، ناهار خورده یا نخورده پی‌گیری کارها را ادامه می‌داد تا شب.  با متفرق شدن مردم، او نیز در میان آنان پنهان می‌شد و به خانه یکی از انقلابیون می‌رفت. به مدت پنجاه روز پا به خانه نگذاشت و جز یک بار خانواده را ندید. خانواده‌اش نیز از بیم تهاجم ماموران، یکجا نمی‌ماندند و هموراه از جایی به جای دیگر نقل مکان می‌کردند.